腸内フローラとは、腸内に住む細菌たちの生態系です。腸内細菌たちの存在は、人間が健康に毎日を過ごすうえで欠かせないものであるということが研究で明らかになりつつあります。
生活習慣やストレスによって腸内フローラの多様性が失われたり、一般的なバランスからあまりにもかけ離れたバランスになってしまうと、様々な疾患を引き起こす可能性があります。
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一度崩れてしまった腸内フローラをもとの状態に戻すのは簡単ではありません。崩れてしまった腸内細菌のバランスを整えるため、健康な人の腸内細菌(叢)を移植するという治療法に期待が高まっています。（学名：糞便微生物移植、FMT）
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腸内細菌(叢)の移植のもっとも古い歴史は、4世紀の中国だと言われています。欧米では、1958年の偽膜性腸炎に関する報告を皮切りに、研究が進んできました。
2014年には、アメリカの政府機関FDAが「クロストリジウム・ディフィシル感染症の多剤耐性時に、腸内細菌(叢)の移植が第一に選択すべき治療法である」と位置づけ、医学的にもその有効性が証明されつつあります。また、潰瘍性大腸炎やクローン病、過敏性腸症候群に対しても良好な成果が出ており、他の疾患の治療法としても研究が進んでいます。